温医大附二院肛肠外科为浙江省中医药重点学科，浙江省中医药重点名科，温州市中西医结合结直肠肛门病诊治中心，是温州市医学会肛肠外科委员会、温州市中西医结合学会肛肠专业委员会和温州市中医药学会肛肠专业委员会主任委员单位，国家药物临床试验基地。目前拥有正高职称4人，副高职称3人，硕士生导师3人，博士及硕士研究生12人。
在浙南地区率先开展保留肛门括约肌微创术治疗复杂肛瘘和混合痔的适形PPH术、直肠前突STARR术、直肠粘膜脱垂经腹切除悬吊固定术或经会阴Altemeier术等的外科治疗。肛瘘镜、肛瘘栓的使用，使治疗更加微创彻底，超声引导下痔动脉结扎术，使痔手术更加精细化等。同时，科室常规开展肛瘘、痔疮、肛裂等疾病的日间手术病房新模式，更大的减轻了患者经济负担，缩短的住院时间。学科在浙南闽北地区享有很高的声誉。
科室在常规开展腹腔镜结直肠癌根治的基础上，积极探索对患者更加微创的个体化的手术方式，在浙南地区率先开展单孔加一腹腔镜结直肠癌根治术、经自然腔道取标本结直肠癌手术（NOSES）、腹腔镜减孔结直肠癌根治术（三孔或四孔联合NOSES术）、经肛单孔腹腔镜微创手术（TAMIS）、超低位直肠癌保肛等更加微创的手术方式，并开展了侧方淋巴结清扫，极大降低局部晚期及肿瘤复发患者术后局部复发率。
科室护理团队具有结直肠专科特色，是国际造口治疗师学校实践基地。年开设温州市首个造口伤口门诊，年成立造口人之家，目前有成员一千余人，每年定期举办“造口人联谊会”是造口患者的温馨家园。
科室秉持以“微创、保肛、快速康复、中西医结合治疗”为特色，以病人为中心，注重个体化治疗。
学科近年来共承担国家自然科学基金1项、浙江省自然基金2项、省科技厅科研项目、浙江省医药卫生科研项目及温州市科技局等科研项目10余项，目前科室发表各类论文90余篇，其SCI论文20余篇，主编医学专著3部。