1.肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。
2.瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张、压迫瘘道、影响脓液的排除、容易贮脓感染而难以愈合。
3.直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体经常不断地从内口进入瘘道、刺激腔壁、继发感染后由外口排出、也是造成瘘道的原因。
4.肛门直肠周围脓肿破溃后、脓液排出、脓腔逐渐缩小、外部破溃口和切口也缩小、腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁、因而不能自然闭合。
5.瘘道弯曲，或有窦、分支，引流不通畅、脓液潴留、反复感染、造成瘘道不易愈合。
6.肛门静脉回流不畅、局部经常瘀血、组织营养不良、影响愈合。
7.结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿、克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
肛瘘常见的并发症有如下几种：
1.肛门直肠狭窄：肛瘘病变常侵犯肛门直肠壁末端，产生结缔组织增生，形成环形或半环形瘢痕，由于炎症的常年反复刺激导致瘢痕挛缩，使肛门、肛管、直肠腔道狭窄，久而久之，导致大便变细、大便困难等，严重者甚至会发生腹胀、恶心、呕吐等肠梗阻症状。临床检查时，患者直肠可触及明显的瘢痕，往往伴有肛门紧缩，甚至难以容纳一个手指通过。有些人没有经过检查自认为是便秘，擅自应用泻药，反而加重病情进展。
2.肛门失禁：肛瘘导致的肛门失禁多是不完全性失禁，由于肛瘘的瘘管反复发作不愈合，导致肛管直肠周围肌肉和软组织广泛感染，大量结缔组织的增生、变硬，使肛门肌肉失去原有的弹性，从而影响肛门括约肌的功能，尤其是肛门的关闭功能，有时对稀便难以控制，形成不完全性肛门失禁。
3.肛门慢性湿疹：由于常年不愈的瘘管多有分泌物溢出，长期刺激肛周皮肤，导致肛周皮肤长期处于潮湿状态，容易引发细菌、真菌滋生，形成慢性湿疹，皮肤弹性降低，往往形成肛周广泛的皲裂样改变，奇痒难忍。而且慢性湿疹治疗过程长、容易反复，常常影响正常生活。
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