临床检查时，患者直肠可触及明显的瘢痕，往往伴有肛门紧缩，甚至难以容纳一个手指通过。有些人没有经过检查自认为是便秘，擅自应用泻药，反而加重病情进展。
肛门失禁
肛瘘导致的肛门失禁多是不完全性失禁，由于肛瘘的瘘管反复发作不愈合，导致肛管直肠周围肌肉和软组织广泛感染，大量结缔组织的增生、变硬，使肛门肌肉失去原有的弹性，从而影响肛门括约肌的功能，尤其是肛门的关闭功能，有时对稀便难以控制，形成不完全性肛门失禁。
3肛门慢性湿疹
由于常年不愈的瘘管多有分泌物溢出，长期刺激肛周皮肤，导致肛周皮肤长期处于潮湿状态，容易引发细菌、真菌滋生，形成慢性湿疹，皮肤弹性降低，往往形成肛周广泛的皲裂样改变，患者奇痒难忍。而且慢性湿疹治疗过程长、容易反复，常常影响正常生活，给患者带来很大痛苦。
4肛瘘病变
肛瘘超过十年以上容易发生病变，一般认为与肛瘘的长期慢性炎症刺激有关。可能由于局部区域淋巴结构被破坏，抵制细胞间变或恶性变的免疫能力降低，使瘘管组织逐渐病变，这是最需要患者警惕的一种并发症。
很多病人带瘘生存几十年，本身对于疾病的治疗意愿并不强烈，因而也常常不会在意瘘管病变时发生的异常改变，往往在就诊时病变组织已经侵犯了更深层的组织。这些病人主要表现为肛瘘外口排出黏胶状分泌物，外口出现肿物增生，伴有溃破。
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