当肛瘘发病时，一般会出现以下几个症状：
一、当肛瘘侵犯范围较大、较深或支管较多时，可反复炎症感染，可能会导致出现消瘦、贫血、便秘、排便困难等全身症状。
二、疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感、行走时可加重、若外口封闭、瘘管存积脓液、或粪便进入瘘管、则会疼痛加重或排粪时疼痛加重、而内盲瘘(内盲瘘主要是包括内口和瘘管，一般没有外口)则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
三、瘙痒肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。
四、排脓排脓是其主要症状。一般来说，新生成的瘘管排脓较多、脓汁粘稠、*色、味臭、瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无、稀淡如水、若脓量增加、则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液、从而出现局部肿痛、体温上升、以后封闭的瘘口破溃、又排出脓液、也可从瘘口排出气体或粪便。
五、硬结或瘢痕由于瘘管壁及瘘口的反复刺激、使纤维组织增生、在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织、常表现为瘘管周围皮肤变色、表皮脱落、凹陷变形、触及条索状硬结通向肛门内。
肛瘘长期不治疗的危害
1、脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤磨擦、瘙痒、非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦、精神不振、抗病能力下降、出现贫血、发作亦越加频繁，形成互为因果。
2、由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
3、肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘、危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。
肛瘘常见的防护措施
一、建立合理的膳食习惯：肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆、萝卜、冬瓜等新鲜蔬菜、水果。对经久不愈的肛瘘多为虚证，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉、牛肉、蘑菇等。
二、及时治疗肛窦炎、肛乳头炎：以免发生肛管直肠周围脓肿及肛瘘。
三、肛门灼热不适、肛门下坠者：要及时查清原因，及时治疗。
四、防治便秘和腹泻：对预防肛管直肠周围脓肿有重要意义，因为大便干结容易擦伤肛窦，再加上细菌侵入而感染。腹泻者多半有直肠炎和肛窦炎的存在，可使炎症进一步发展。
五、养成良好的排便习惯：每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。
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