当肛瘘发病时，一般会出现以下几个症状：
一、当肛瘘侵犯范围较大，较深或支管较多时，可反复炎症感染。可能会导致出现消瘦、贫血、便秘、排便困难等。
二、疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感、行走时可加重、若外口封闭、瘘管存积脓液、或粪便进入瘘管、则会疼痛加重或排粪时疼痛加重。而内盲瘘(内盲瘘主要是包括内口和瘘管，一般没有外口)则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
三、瘙痒肛门部皮肤由于脓液及其它排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。
四、排脓排脓是其主要症状。一般来说，新生成的瘘管排脓较多。脓汁粘稠、*色、味臭、瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无、稀淡如水、若脓量增加，则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭、不排脓液、从而出现局部肿痛、体温上升、以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，也可从瘘口排出气体或粪便。
五、硬结或瘢痕由于瘘管壁及瘘口的反复刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，常表现为瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条索状硬结通向肛门内。
?