肛瘘不能自愈，必须手术治疗。肛瘘的治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。肛瘘的治疗是根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。肛瘘给人的印象就是反复的发作，治疗起来有难度。那么肛瘘反复发作是为什么呢?肛瘘手术后，又重新犯病的原因有以下几个方面：
①肛瘘手术内口处理不当：绝大多数是因为内口没有找准确，或没有把感染的原发灶即内口彻底清除。
②肛瘘手术肛门腺处理不当：据近年来的研究表明，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管。
③肛瘘手术瘘支管及其瘘空腔清除不彻底：即在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管，即可导致复发。
④内口复杂：即瘘内口二个或二个以上时，寻找内口不完全，导致肛瘘复发。
⑤新生成的肛瘘：多为患者因肛门腺感染，又发生了肛周脓肿，导致新的肛瘘，而被误认为是复发，在临床中不难鉴别。
在治疗肛瘘的过程中发现肛瘘复发率高的原因就在于人们没有认真的进行肛瘘的护理，导致肛瘘的反复发作，给身体带来了很大的伤害。
肛瘘术后伤口敷料更换的好坏，是手术成功与否的一个关键问题。即使手术成功，若忽视了伤口的敷料更换，手术也常易失败。因此，经治医生必须亲自更换敷料，或至少要定期检查伤口。
敷料更换注意事项：①坐浴及冲洗：术后每天应行坐浴，尤其是便后坐浴不能忽视。要保证伤口清洁，加速愈合。对大的伤口应进行伤口冲洗，先用过氧化氢溶液，然后用温生理盐水或抗生素溶液进行伤口冲洗。冲洗时应保持一定压力，以便使清洗液达到伤口的每一个角落。
②敷料：伤口内敷料可防止伤口表面粘连(皮肤架桥)，因此创面应底小口大，能自下而上地愈合。若取出敷料时，发现伤口内有脓液，提示有残余脓腔，应即时扩大引流，否则伤口不会愈合。
③直肠指诊：可发现伤口内有无死腔及脓液存留，此外也可发现有无肛门狭窄倾向，如有则应定期扩肛治疗。